Hola Serenity:
Cuando usas window.open, el primer parámetro es la página y debe ir entrecomillada, el segundo parámetro es el nombre de la ventana, y si no existe, puedes inventarte el nombre o poner una cadena vacía, y en el tercer parámetro, aunque no estoy seguro, creo que es mejor no dejar espacio entre las opciones de la ventana...
Tu problema está en el uso de las comillas, ya que tienes que alternar las simples con las dobles. si tienes que poner unas comillas, pero pueden cerrar otras... debes poner una barra inversa por delante.
Voy a intentar arreglarlo.
var codigoa ='<A HREF="javascript
:window.open(\'banner.php\', \'\', \'width=50,height=50\')"> <IMG SRC="actualizacion/banners/'+imgBannera[cuala]+'" ALT="'+altBannera[cuala]+'" BORDER=0 WIDTH=112 HEIGHT=80></A>';
Quité el void() porque no es necesario...
Dime si te sirve.
Saludos
