Alimentando una Base de Datos

[Kinopio]

Queridos maestros...aquí con una pequeña duda, de la cual resolviendo puedo arrancar.
Tengo una BD la cual se alimenta generalmente de los datos de hojas de excel.
Mi pregunta es, que proceso es más recomendable, en cuanto a seguridad e integridad de los datos.
1. Llenar la BD con un load data infile de dichas hojas.
2. hacer un proceso, que lea los datos de las hojas y luego por medio de consultas, alimentar la base, estoy utilizando sqlalchemy.

Si es 2, alguien sabe de algún método o algoritmo que me permita hacer las relaciones entre tablas dada una columna o un id???

Muchas gracias por sus aportes...