capa o div es un elemento html, <div> una clase o ID es un identificador mediante el cual puedes acceder a los elementos html y aplicarle estilos (colores, tipo de letra, ancho, etc etc)
<div id="menuPrincipal" class="menu topLevel">
los ID son únicos, solo uno por elemento y no se deben repetir en el mismo documento, las clases son mas genéricas y puedes usarlas tantas veces como quieras en cualquier elemento y aplicar mas de una de ser necesario.
Como funciona en practica, tendrás que leer el material...