Hola Rudo007 (Hola a todos

)
Tal vez te sirva usar una segunda etiqueta script, y al variable ponerle un atributo "ID"...
<body>
<script id=variable language=javascript src=""></script>
<script language=javascript>
var miscript = "funciones.js";
document.getElementById("variable").src = miscript;
</script>
...
</body>
En el ejemplo, puse el script en el body, pero supongo que se podrá poner en cualquier sitio.
Saludos