Intentase bloquear los archivos con htaccess ?
Aquí puedes encontrar varias opciones.
Aunque el error no genera demasiado tráfico, las 200 000 peticiones podrían afectar. Tendrías que investigar como llegan estas peticiones: un bot, algún foro? Son todas de un mismo país? o región?
Busca en google la dirección URL. Debe estar listada. Bloquea los archivos con robots.txt , revisa tus programas de estadística de visitas, busca algo anormal....
También es posible que no hayas eliminado todos los archivos maliciosos. Revisa el sitio web con:
http://sucuri.net/
Salu2 y SuerT