No, aunque depende de tu httpd(Apache) o configuración de servidor IIS entre otros. Si tienes contenido diferente Google no lo interpretará como una duplicidad o un black hat de redirecciones. Seguramente para tu caso Google acabe implementando el subdirectorio /sitio1 / en la descripción de las búsquedas de tu sitio como una sección de la página. Para emplear el subdominio se debe configurar para que actúe en la misma raíz que la carpeta padre y el dominio principal. En cualquier caso no tendrás penalización pero con tu configuración actual es recomendable que no hagas backlinks de el subdominio www.sitio1.misitio.es mientras siga alojado en un subdirectorio. Otro dato es que siempre existe una discusión sobre usar subdominios o subdirectorios y cada experto te dirá algo incluso los mismos desarrolladores que colaboran con Google. Como ayuda y si te sirve, en apache para interpretar un subdomain con autonomía quedaría del estilo:
Código httpd:
Ver originalServerName www.sitio1.misitio.es
ServerAlias www.sitio1.misitio.es www.sitio1.misitio.es