Problemas de Compatibilidad de javascrip en un servidor con Fedora

[areli_leve]

Hola amigos!!
Soy nueva en este foro, espero me puedan ayudar con mi problema, es el siguiente:

Tengo creada una aplicacion web, uso php, mysql, javascript, css y ajax, al correrlo sobre un servidor en windows corre perfectamente bien, el problema es cuando intento correrlo sobre un servidor con linux (estoy usando fedora), no me funcionan mis js, alguien puede ayudarme!!!!!
De ante mano, muchas gracias!!!!