Hola de nuevo,
Despues de varios días peleando con las cookie y de mucha investigación, voy y me topo con esta maravilla
https://github.com/techpines/express.io
Es una versión ampliada del framework express, este en concreto combina express + socket.io creando entre otras muchas posibilidades, un sistema para gestionar la sessión desde los callback de los socket.
Muy recomendable si usas express y quieres trabajar intensamente con los sockets, pues facilita consideramente toda la gestión.
Espero que a alguien le sirva esto de ayuda.
Un saludo comunidad.