Vamos a ver si se entiende, porque en realidad estás tan cerca que me cuesta comprender por qué te te produce dudas.
Si tienes las tablas
y tanto id1 como id2 deben ser FK de A, entoncesw es simplemente
¿No te parece es
exactamente eso lo que te estoy diciendo?
No termino de comprender qué parte te confunde...