Yo me decantaría por HTML5. Básicamente porque lo que puedes hacer con HTML4.1 lo puedes hacer con HTML5.
Los mayoría de elementos estructurales nuevos están soportados en todos los navegadores:
http://caniuse.com/html5semantic
IE8 no lo soporta, pero sólo hay que añadir una línea de código para que sean soportados por cualquier navegador. Por otro lado, ¿quién usa IE8?
