No puedes incluir ese código completamente dentro de tu index. Ya que estás repitiendo varias elementos, como head o body, que deben de ser únicos.
Tendrías que incluir solamente lo que está dentro del elemento body, sin incluirlo. Y luego llamar desde tu index y demás páginas (supongo que Wordpress trae un archivo para configurar el header) los archivos .css y .js necesarios.
He visto que no usas Bootstrap en tu web, así que solamente para hacer un menú, no es muy recomendable cargar una librería CSS para ello. Es una forma un bruta de hacerlo.
Aunque existan muchas herramientas que facilitan el hacer las cosas, en este caso lo único que estás haciendo es sobrecargar tu sitio excesivamente para algo que es sumamente simple de hacer
a mano.
Si tienes algo de tiempo, no está de mas pasarte por
librosweb.es donde encontrarás buenos manuales acerca de HTML y CSS entre otros.