A bajo nivel se termina ejecutando el componente Process de Symfony, te dejo la referencia al mismo
http://symfony.com/doc/current/components/process.html por si quieres ver el tema en profundidad, que ejecutas para ver la versión ?, porque deberia servirte lo mismo pero sin flags, osea si tienes la utilidad en el path del sistema binary seria wkhtmltopdf, sino la ruta al .exe(incluido el .exe).
Saludos.