Todo dependera.... si te das cuenta que se te estan escapando e-mails podras usar ambas pero he probado varios emails con filter_var() y funciona super
Cita:
Iniciado por Triby 
Con preg_match() puedes ajustar la expresión regular para satisfacer tus necesidades; el único inconveniente con filter_var() + FILTER_VALIDATE_EMAIL es que deja pasar cuentas como usuario@localhost o usuario@ejemplo.
EDIT: vea pues!!!! y yo creyendo que podia ser muy estricto en algun caso y es alrevez :)