Buen día, yo uso este plugin:
http://wpaudioplayer.com/ y te permite configurar el background color desde el panel de control.
Sino yo probaría de insertar:
<param name="bgcolor" value="#990033" />
o bien cambiar:
<param name="wmode" value="opaque" />
por
<param name="wmode" value="transparent" />
Pero la verdad es que no soy muy ducha en el tema de embeber flash...