Hola,
Primero que nada, PHP no es un lenguaje obsoleto, se sigue utilizando como el papel higiénico, todos los días.
Segundo, estás comparando lenguajes de programación que tienen un alcance diferente.
Tercero, esto ya está más que trillado.
Cuarto, necesitas actualizar tus conceptos sobre desarrollo web, principalmente con JAVA, para tener claro cómo funciona.
Ahora a los puntos que expones.
1. Falso, no necesariamente necesitas un VPS o Servidor dedicado, basta con que busques un proveedor que tenga Apache Tomcat o al menos OC4J (no muy bueno en mi opinión). Claro si quieres algo bueno tienes que pagar.
2. Primero Joomla no es un framework de desarrollo. Tienes tantas librerias nativas en JAVA como en PHP. Zend posee un set de librerias que extienden la funcionalidad de lenguaje, así como JAVA tiene Spring o Struts. Lo de seguridad cae mas bien en la responsabilidad del desarrollador para programar.
3. Si bien PHP podría presentar algunas dificultades y tropiezos en escalabilidad eso no lo pone en segundo plano. No estoy muy seguro pero creo que Facebook aún usa PHP.
4. No exactamente, pueden presentar casi las mismas dificultades de rendimiento, PHP un lenguaje de scripting interpretado y no compilado, si puede poseer cierto impacto en desempeño. Pero JAVA aunque pueda ser compilado, no deja de ser un lenguaje que necesita de una máquina virtual para poder ser ejecutado.
5. ¿Cuál es el problema con respecto a eso?
6. Te reto a que por tus propios métodos puedas descifrar y descompilar bytecode (nótese que no es bit code). Pues muchas grandes empresas utilizan JAVA, desde aerolíneas transnacionales, hasta mequeños supermercados. La seguridad no reside por completo en la naturaleza del lenguaje. Si alguien puede obtener el código fuente de tu aplicación, pues lo inseguro fue tu infraestructura. Te recomiendo que revises
https://github.com/facebook/hiphop-php/ y lees sobre las diferencias de compilación nativa (código de máquina) a compilar para una máquina virtual, como el caso de JAVA o .NET
7. No te refuto que sería necesario utilizar de otras tecnologías para poder realizar un Remotedesktop al estilo de teamviewer, ya que ese no es el enfoque de PHP. Pero Java no lo resuelve todo, pueden haber ocaciones que necesites hacer una aplicación en C, porque necesites eficiencia, controlar un dispositivo de hardware, o hacer alguna operación a muy bajo nivel y de igual forma llamar esa aplicación desde JAVA.
8. Puedes desarrollar lo que quieras con JAVA.
9. Otra vez, siento que tienes problemas de concepto. Quieres una aplicación JAVA que se ejecute en un servidor remoto? para crear una aplicación web, por ejemplo; o lo que quieres es hacer una aplicación de escritorio que se instale en un ordenador cliente?
Más que leer simples comparativas de qué es mejor o qué es peor. Documentate sobre la funcionalidad, el enfoque y las posibilidades de cada lenguaje por tu cuenta. Qué hace cada uno o que puede hacer. Cómo se utilizan y qué clase de aplicaciones se desarrollan con cada una.