Hola Jesús,
el proceso de dar de alta un subdominio en un servidor, es similar al de dar de alta un dominio:
- Crear un host virtual
- Crear la entrada tipo A en el servidor DNS
- Recargar los host en el servidor web
- Recargar el servidor de DNS
Para hacer esto, tendrías que crearte un script en bash que hiciera todos estos pasos y llamarlo desde PHP.
La pregunta es ¿tienes suficientes permisos en tu servidor para hacer esto?
Si no dispones de un VPS con acceso root o un servidor dedicado, la respuesta probablemente será no. En caso contrario, ya tienes los pasos.
Espero haberte ayudado ¡ saludos !