Cita:
Iniciado por gnzsoloyo 
¿Tienes algún impedimento para mostrar el código
completo?
Acá nadie te va a plagiar... hacerlo con un código que no está funcionando bien es un despropósito.
Parte 2:
Código PHP:
//HACEMOS EL INSERT EN LA TABLA
for($i=0;$i<count($_POST["cedulaEst"]); $i++){
$cedulaEst="".$_POST['cedulaEst'][$i]."";
$notaTrimestre3="".$_POST['notaTrimestre3'][$i]."";
if($CohorteSec==2){
//Trimestre 2 = Periodo 1. (Del mismo año)
$periodo_trimestre2 = $CohorteSec - 1;
$trimestre_porcentaje2 = mysql_query("SELECT porcentaje, nota_segundo_trimestre, cod_docente, fecha_carga FROM nota_segundo_trimestre WHERE cod_asignatura='".$_SESSION['tmpAsignatura']."' and anio='".$_SESSION['anio_periodo']."' and periodo='".$periodo_trimestre2."' and trimestre='2' and trayecto='".$TrayectoSec."'",$conexion);
$valor_procentaje2 = mysql_fetch_array($trimestre_porcentaje2);
$porcentaje_trimestre2 = $valor_procentaje2['porcentaje'];
$nota_trimestre2 = $valor_procentaje2['nota_segundo_trimestre'];
$Nota_total2 = ($nota_trimestre2 * $porcentaje_trimestre2) / 100;
$Fecha_trimestre2 = $valor_procentaje2['fecha_carga'];
$Docente_trimestre2 = $valor_procentaje2['cod_docente'];
$anio_trimestre1 = $AnioSec - 1;
$periodo_trimestre1= $CohorteSec;
$trimestre_porcentaje1 = mysql_query("SELECT porcentaje, nota_primer_trimestre, cod_docente, fecha_carga FROM nota_primer_trimestre WHERE cod_asignatura='".$_SESSION['tmpAsignatura']."' and anio='".$anio_trimestre1."' and periodo='".$periodo_trimestre1."' and trimestre='1' and trayecto='".$TrayectoSec."'",$conexion);
$valor_procentaje1 = mysql_fetch_array($trimestre_porcentaje1);
$porcentaje_trimestre1 = $valor_procentaje1['porcentaje'];
$nota_trimestre1 = $valor_procentaje1['nota_primer_trimestre'][$i];
$Nota_total1 = ($nota_trimestre1 * $porcentaje_trimestre1) / 100;
$Fecha_trimestre1 = $valor_procentaje1['fecha_carga'];
$Docente_trimestre1 = $valor_procentaje1['cod_docente'];
$Porcentaje_tercer_trimestre = 100 - ($porcentaje_trimestre1 + $porcentaje_trimestre2);
}elseif($CohorteSec==1){
$anio_trimestre2 = $AnioSec - 1;
$periodo_trimestre2= $CohorteSec + 1;
$trimestre_porcentaje2 = mysql_query("SELECT porcentaje, nota_segundo_trimestre, cod_docente, fecha_carga FROM nota_segundo_trimestre WHERE cod_asignatura='".$_SESSION['tmpAsignatura']."' and anio='".$anio_trimestre2."' and periodo='".$periodo_trimestre2."' and trimestre='2' and trayecto='".$TrayectoSec."'",$conexion);
$valor_procentaje2 = mysql_fetch_array($trimestre_porcentaje2);
$porcentaje_trimestre2 = $valor_procentaje2['porcentaje'];
$nota_trimestre2 = $valor_procentaje2['nota_segundo_trimestre'];
$Nota_total2 = ($nota_trimestre2 * $porcentaje_trimestre2) / 100;
$Fecha_trimestre2 = $valor_procentaje2['fecha_carga'];
$Docente_trimestre2 = $valor_procentaje2['cod_docente'];
$anio_trimestre1 = $AnioSec - 1;
$periodo_trimestre1= $CohorteSec;
$trimestre_porcentaje1 = mysql_query("SELECT porcentaje, nota_primer_trimestre, cod_docente, fecha_carga FROM nota_primer_trimestre WHERE cod_asignatura='".$_SESSION['tmpAsignatura']."' and anio='".$anio_trimestre1."' and periodo='".$periodo_trimestre1."' and trimestre='1' and trayecto='".$TrayectoSec."'",$conexion);
$valor_procentaje1 = mysql_fetch_array($trimestre_porcentaje1);
$porcentaje_trimestre1 = $valor_procentaje1['porcentaje'];
$nota_trimestre1 = $valor_procentaje1['nota_primer_trimestre'];
$Nota_total1 = ($nota_trimestre1 * $porcentaje_trimestre1) / 100;
$Fecha_trimestre1 = $valor_procentaje1['fecha_carga'];
$Docente_trimestre1 = $valor_procentaje1['cod_docente'];
$Porcentaje_tercer_trimestre = 100 - ($porcentaje_trimestre1 + $porcentaje_trimestre2);
}
//Nota con Procentaje del Trimestre 3
$Nota_total3 = ( $notaTrimestre3 * $Porcentaje_tercer_trimestre) / 100;
$Nota_totalS = $Nota_total1 + $Nota_total2 + $Nota_total3;
$Nota_total = round($Nota_totalS,1);
$insertar_nota=mysql_query("INSERT INTO nota_tercer_trimestre(cod_estudiante, cod_asignatura, descripcion_materia, pensum, cod_docente, cod_seccion, nota_tercer_trimestre, porcentaje, fecha_carga,anio, periodo, trimestre, trayecto, usuario) VALUES ('".$cedulaEst."','".$_SESSION['tmpAsignatura']."','".$materia_descripcion."' ,'".$pensum."','".$cod_profesor."','".$_SESSION['tmpSeccion']."','".$notaTrimestre3."','".$Porcentaje_tercer_trimestre."' ,'".$fechaInicial."','".$_SESSION['anio_periodo']."','".$CohorteSec."','".$TrimestreSec."','".$TrayectoSec."','".$usuario."')",$conexion);
$insertar_notas=mysql_query("INSERT INTO tr_nota_pnf(cod_estudiante, cod_asignatura, descripcion_materia, pensum, cod_seccion, porcentaje_primer_trimestre, nota_primer_trimestre, fecha_primer_trimestre,
cod_docente_primer_trimestre, porcentaje_segundo_trimestre, nota_segundo_trimestre, fecha_segundo_trimestre,
cod_docente_segundo_trimestre, porcentaje_tercer_trimestre, nota_tercer_trimestre, fecha_tercer_trimestre,
cod_docente_tercer_trimestre, promedio, anio, periodo ,trayecto, usuario)VALUES('".$cedulaEst."', '".$_SESSION['tmpAsignatura']."' ,'".$materia_descripcion."','".$pensum."','".$_SESSION['tmpSeccion']."','".$porcentaje_trimestre1."','".$nota_trimestre1."',
'".$Fecha_trimestre1."','".$Docente_trimestre1."','".$porcentaje_trimestre2."','".$nota_trimestre2."','".$Fecha_trimestre2."',
'".$Docente_trimestre2."','".$Porcentaje_tercer_trimestre."','".$notaTrimestre3."','".$fechaInicial."','".$cod_profesor."',
'".$Nota_total."','".$_SESSION['anio_periodo']."','".$_SESSION['periodo']."','".$TrayectoSec."','".$usuario."')",$conexion);
}//fin for
}