Para saber si $Unidad se está creando correctamente como array de temas[] usa:
var_dump($Unidad);
Eso te mostrará el contenido e información adicional de la variable.
Luego, tu consulta no está bien armada porque debes encerrar entre llaves los elementos de arrays que quieras que sean interpretados, ejemplo:
Código PHP:
Ver original// Incorrecto
$sql="UPDATE Temarioplan SET Unidad_tematica='$Unidad[$i]' ...";
// Correcto:
$sql="UPDATE Temarioplan SET Unidad_tematica='{$Unidad[$i]}' ...";
Aparte, debes escapar los datos antes de usarlos en una consulta, para evitar dolores de cabeza y ataques a tu sitio; usa mysql_real_escape_string()
Por cierto, la librería mysql, y funciones relacionadas en PHP, está considerada como obsoleta, por lo que te conviene migrar a
mysqli o, mejor aún, a
PDO.