Hola,
Además de lo que mencionas, asegúrate de no usar permisos excesivos en carpetas y archivos y también recuerda mantener el software que uses en tus sitios (si es que usas) siempre actualizado.
Haciendo una búsqueda rápida en Google encontré esto, quizá te sirva para iniciarte en el tema:
http://hostingdiario.com/4-consejos-...ra-tu-hosting/
Saludos,