Hola,
Te voy contestando por pasos:
Cita: La primera es que ya tengo las tablas de mi proyecto creadas así que, ¿debería volver a crearlas con migraciones?
No necesariamente. Las migraciones de laravel te ayudan a volver a un estado anterior de cuando creastes alguna tabla o conjunto de tablas etc (principalmente usando el comando php artisan migrate). Pero no es para nada necesario. Es sólo para que puedas crear nuevas tablas con el comando, eliminarlas, etc.
Cita: Además en Laravel le añade create_at y update_at, ¿debo añadírselo a las tablas que ya tengo?
Eso se arregla añadiendo la variable -- public $timestamps = false; -- a cada clase de cada modelo que no quieras que se le añada esos dos campos.
Cita: La segunda cuestión es, ¿debo creo un modelo por cada tabla exactamente?
Para nada, yo por ejemplo tengo un archivo en models que se llama Usuario.php y dentro tengo la clase Usuarios, otra clase llamada Mensajes_privados, otra llamada Mascotas (estoy haciendo una web relacionada con los animales).
Lo que yo entiendo es que intentes juntar todo lo necesario de un conjunto de datos de tu web. Me refiero a que si tienes un modelo que trata de usuarios y los mensajes privados y las mascotas van relacionadas directamente con el modelo (que si no existiese el modelo Usuario éstas no podrían existir), que las unas en mismo archivo.
Espero haberte ayudado.
Un saludo!