Yo me topé con ese problema tambien. La verdad que pasarlos en un array desde la controladora me parecía desprolijo y horrible. Lo que hice fue cargar los js que se usan en todas las páginas del sitio en el layout principal, directamente en la vista, y los que sean especiales de una vista, lo que hice fue generar otra vista con el nombre script_nombrevista, y en el controlador llamar a la vista de script inmediatamente antes de la vista principal.
Ej
Código PHP:
Ver original$this->load->view('script_view');
$this->load->view('view');