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Iniciado por ArturoGallegos 
lo mas común es que tengan acceso FTP, lo mejor que puedes hacer es asegurarte que tu equipo este limpio, nunca usar el ftp en lugares públicos, cambiar la contraseña y usar al menos 10 caracteres alfanuméricos que incluya mayúsculas y minúsculas, si es posible agregar símbolos mejor aun.
también revisa los permisos de tus archivos... si sospechas que el servidor esta infectado, reportalo quizás el soporte técnico te pueda ayudar.
Me dijeron que podría ser un gestor FTP pirata. Yo utilizo el FileZilla, hay alguno mas confiable y seguro?