Código PHP:
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$agenda[0]['alu'] = $_POST['alu'];
$agenda[0]['nota1'] = $_POST['nota1'];
$agenda[0]['nota2'] = $_POST['nota2'];
foreach($agenda as $indice=>$valor){
$consulta1="INSERT INTO prueba (alumno,n1,n2) VALUES('".$valor['alu']."','".$valor['nota1']."','".$valor['nota2']."')";
}