git no sube los archivos al vps

[AlvaroG]

Pues deberías poder escribir las instrucciones en el mismo hook que usaste para hacer el push. Ahora, ¿realmente te parece buena idea usar mecanismos automáticos de migración de BBDD? Bueno, no automáticos (como es south mismo) sino sin supervisión.
Yo haría la migración manual (corriendo manage.py migrate), no sea cosa que haya algún problema y se rompa la aplicación sin que te des cuenta.