Hola
Consulta como tienes los puertos
netstat -tpna
Para ssh deberías tener abierto el 22 y para el ftp el 21. Consulta que pasa con esos puertos.
Dices que el problema salió a partir de la instalación de bind9. Prueba a ver si es una cuestión de resolución de nombres. Para ello intenta acceder utilizando la ip en vez del nombre de la máquina. p. ej ssh
[email protected] siendo usuario un usuario válido en esa máquina y la ip la de la máquina.