Si quieres que midan lo mismo, ¿qué necesidad tienes de calcularlo con JavaScript? ¿Qué te impide poner una medida en pixeles y ya está? No entiendo esta parte la verdad.
Otra cosa, al cambiar la orientación, seguirá midiendo lo que se haya calculado con JavaScript, no lo volverá a calcular. Para tendrías que indicar que al cambiar el ancho de la pantalla se vuelva a calcular.
Creo que te estás liando, usando JavaScript cuando no haría falta si usases media-queries.