He estado investigando y repasando una instalación de Chamilo a la vez que hacia unas pruebas para un articulo de mi blog y me acorde que mi problema era de permisos, ya que al parecer Chamilo tiene que tener unos permisos específicos en las carpetas y los archivos de las distintas partes.
He estado leyendo la documentacion, y pienso que puedes empezar por cambiar los permisos de estas carpetas:
Código:
chamilo/main/inc/conf/
chamilo/main/upload/users/
chamilo/main/default_course_document/
chamilo/archive/
chamilo/courses/
chamilo/home/
Aunque pueda parecer arriesgado, en la documentación pone que hay que asignar permisos CHMOD 0777.
Haber si esto te puede ayudar.