adecuando un poco tu codigo quedaria :
Código Javascript
:
Ver original<script type="text/javascript">
var contLin = 1, tr, td, tabla;
function agregar() {
document.getElementById("OcultoContLin").value = contLin;
tabla = document.getElementById('TablaMed');
tr = tabla.insertRow(tabla.rows.length);
td = tr.insertCell(tr.cells.length);
// agregar [+ contLin +] para asignar un numero a cada identificador del input text
var N_Art="articulo"+contLin;
var N_Can="cantidad"+contLin;
var N_Tot="total"+contLin;
var N_PUn="precioUnitario"+contLin;
td.innerHTML = "<input type='text' size='21' name='"+N_Art+"' 'id='"+N_Art+"'>";
td = tr.insertCell(tr.cells.length);
td.innerHTML = "<input type='text' size='15' name='"+N_Can+"' id='"+N_Can+"'>";
td = tr.insertCell(tr.cells.length);
td.innerHTML = "<input type='text' size='15' name='"+N_PUn+"' id='"+N_PUn+"'>";
td = tr.insertCell(tr.cells.length);
td.innerHTML = "<input type='text' size='15' name='"+N_Tot+"' id='"+N_Tot+"' onFocus=\"calcular('"+N_Can+"','"+N_PUn+"','"+N_Tot+"');\">";
contLin++;
}
function calcular(IdCantidad,IdPrecio,IdTotal){
cantidad = document.getElementById(IdCantidad).value;
precio = document.getElementById(IdPrecio).value;
document.getElementById(IdTotal).value = (cantidad * 1) * (precio * 1);
}
</script>
<div id="OcultoContLin">
<table id="TablaMed">
</table>
</div>
<input type="button" onClick="agregar()" value="agregar">