Yo lo haría de la siguiente manera:
1. Crear mi clase ecuación. Esta clase consiste de lo siguiente. Un string privado llamado ecuación, el constructor donde le asignes la ecuación y un método publico llamado evaluar.
2. El método evaluar consiste en implementar
Shunting-yard algorithm y luego evaluar una expresion postfija es
casi trivial.
Puedes añadirle cosas como validación de la ecuación, etc..