Cargas Masivas + Tablas relacionadas

[Depresor]

Buenas tardes a todos.

Estoy con una BBDD Mysql relacionada y tengo que realizar cargas masivas de datos a 3 tablas relacionadas entre si.
El problema radica en que cuando hago el "LOAD DATA LOCAL INFILE..." las relaciones dan el siguiente error :

"Cannot delete or update a parent row: a foreign key constraint fails"

Mientras que, si antes de realizar la carga, deshabilito la FOREIGN_KEY_CHECKS, para cuando termine de cargar y vuelva a habilitarla, nada me asegura que lo que he insertado esté bien relacionado.

¿Habría alguna forma de comprobar la correcta relación entre todas las tablas (que cada foreign tuviera su clave en su tabla relacionada), o, por el contrario, hacer las cargas masivas (estamos hablando que costaria muuucho hacerlo con inserts normales) de alguna forma que no se vean violadas las relaciones?