tienes de dos, creas la galería dentro del mismo flash que las paginas y agregas un botón que le permita navegar entre ellas o eliminas todos los flash y empiezas de nuevo pero con HTML.
En definitiva poco te va servir hacer con html la galería si las paginas siguen en flash, obtendrías el mismo resultado que tienes ahora.
en html puedes usar un carousel jquery para conseguir un efecto similar,
http://jquery.malsup.com/cycle2/demo/carousel.php
puedes buscar mas en google, hay muchos solo es cuestión de buscarlos.
Otra cosa, aunque google ya es un poco amigable con los flash... sigue siendo malo para el SEO.