El problema no es almacenar el tiempo sino cómo determinar el tiempo real que un usuario pasa conectado en la página. En cualquier caso como dice maicol tendrás que sobreescribir el handler de sessiones de PHP, empieza por aquí: Saludos y espero puedan ayudarme:
http://www.phpclasses.org/search.htm...ndler&restrict[0]=C&restrict[1]=B&restrict[2]=D&forums=F&go_search=1&advanced=1