Te he entendido perfectamente, pero al parecer he debido explicarme mal.
Cita: eliminar la imagen destacada de la plantilla de posts sencillos.
¿Lo has intentado? Si eliminas la llamada a la imagen destacada en el archivo single.php eliminas tu problema de repetición de imágenes.
Escribes el post, metes las imágenes que quieras, y eliges una destacada. La destacada se verá en las categorías y no se verá repetida en single.
¿No soluciona eso tu problema sin necesidad de plugins? ¿Lo has intentado?