bueno, depende de la aplicación, obviamente un sistema de facturación interno no tendría que salir de una LAN, a no ser que se trate de una tienda online.
en fin, php te sirve para hacer backends o aplicaciones administrativas internas, que no requieran internet, y puedes cobrar por implementación tal cual cualquier otro software, siempre que el alcance sea bien definido
¿ejemplos hechos en php?: Sugar CRM, Elastix PBX, entre otros, con licencias de pago y/o freemium