Gracias alberto por tu comentario.
Afortunadamente encontre una forma de hacerlo con un script de jquery viejo pero me funciono! solo tuve que hacer un poco mas de trabajo porque tuve que eliminar los conflictos con las versiones de jquery montando el scritp de migracion y haciendo otras cositas como eliminar el evento del body para hacer mas eficiente el funcionamiento.
Para los que quedan con la duda o quieren saber la forma aqui les dejo la mejor forma que encontre de hacerlo. Tiene dos mensajes a consola para que vean la ejecucion de la cookie pero ya cuando quieran ponerlo a correr lo mejor es quitar los mensajes del log.
Espero les sirva, saludos panas!
Cita: <html>
<head>
<title>fancyBox - Fancy jQuery Lightbox Alternative | Demonstration</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
<script src="http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.js"></script>
<script type="text/javascript" src="../source/jquery.fancybox.js?v=2.1.4"></script>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="../source/jquery.fancybox.css?v=2.1.4" media="screen" />
<script type="text/javascript" src="../source/jquery.cookie.js"></script>
</head>
<body>
<h1><a id="yt" class="fancybox fancybox.iframe" href="http://localhost/limesurvey/index.php/survey/index/sid/528348/newtest/Y/lang/es-MXcccc">Iframe</a></h1>
</body>
<script>
$(document).ready(function(){
if ($.cookie('cuadro')=="encuesta") {
console.log("ya hizo la "+$.cookie('cuadro'));
} else {
$('.fancybox').fancybox({
'padding' : 0,
'autoScale' : false,
'transitionIn' : 'none',
'transitionOut' : 'none',
'width' : 680,
'height' : 495,
'wmode' : 'transparent',
'allowfullscreen' : 'true',
'type' : 'iframe'
});
$.cookie('cuadro', 'encuesta');
console.log("aun no hizo la encuesta y se crea la cookie por eso da valor nulo "+$.cookie('cuadro'));
}
$("#yt").trigger("click");
});
</script>
</html>