Pero en mi opinión me crearía una Clase Alumno, que tuviera todos sus datos que tuviera un ArrayList de asiganaturas, asignaturas sería otra clase tambien que tuviera nombre y nota.
Quedaría una cosa así:
Clase asignatura
public Class asignatura {
private String nombre;
private float nota;
...
}
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Clase Alumno
public class Alumno {
private String nombre;
private String edad;
...
ArrayList<Asignatura> asignaturas = new ArrayList<Asignatura> ( );
...
}
y luego creas tu ArrayList de alumnos de la siguiente manera:
ArrayList<Alumno> asignaturas = new ArrayList<Alumno> ( );
Luego en cada clase te creas los metodos necesarios para introducir los datos y obtenerlos.