Inner Join Me Multiplica los Resultados de 2 Tablas

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Código SQL:

SELECT TU.id_usuario, numero_usuario, x.ScaneosEntrada, X.ScaneosSalida
FROM tb_Usuarios TU JOIN 
  (SELECT A.id_usuario, 
                        SUM(A.num_escaneos) AS ScaneosEntrada, 
                        SUM(B.num_escaneos) AS ScaneosSalida
FROM tb_escaneos A INNER JOIN tb_escaneosSalida B ON A.id_usuario = B.id_usuario
GROUP BY A.id_usuario) AS X
ON X.id_usuario = TU.id_usuario
GROUP BY TU.id_usuario, numero_usuario, x.ScaneosEntrada, X.ScaneosSalida
 

prueba con eso :)