Trabajo con una direccion pero se posiciona otra

[yass]

El caso es que el no he trabajado nada con el subdominio. Lo único que estoy haciendo es conseguir backlinks que apuntan al index y va subiendo el subdominio, mientras que el dominio sigue desaparecido. Por eso me parece bastante extraño.
Por otro lado, como puedo saber si éste último está penalizado? No me sale ningún mensaje en google tools ni nada de eso, además que tampoco he hecho nada extraño.