Actualizacion de informacion

[repara2]

Las conexiones se pueden perder siempre, en cualquier momento. Lo que necesitas es marcar la información enviada / recibida de alguna manera que al reiniciar el proceso puedas empezar de donde lo dejaste. Para evitar errores en update e inserts utiliza transacciones.
El script se "cuelga" probablemente por un time out debido al minuto que esperas. Si implementas cualquier tipo de flags, la espera ya no tiene sentido.
Salu2