Problema con validación de usuario

[dominguez]

Hola, tengo un primer formulario de validación, donde se introduce el nombre y código pa autentificarlo. Lo que me ocurre es raro, porque introduzco una primera ver NOMBRE y CODIGO CORRECTO, me vuelve a mortrar otra vez la página de autentificación, le vuelvo a poner otra vez el NOMBRE y CODIGO, es ahora cuando me deja entrar en la página.

Mi pregunta:¿Por qué hace que me valide dos veces, si los primeros datos son correctos?

$query="SELECT NOMBRE, CODIGO FROM Tabla WHERE NOMBRE=$_POST['NOMBRE'] AND CODIGO=$_POST['CODIGO']";

mysql_select_db ($database_connProyecto, $connProyecto);
$Result= mysql_query($query, $connProyecto) or die(mysql_error());
$res = mysql_fetch_assoc ($Result);

if (mysql_num_rows ($Result)!=0){
//usuario y contraseña válidos
//defino una sesion y guardo datos
session_start ();
$_SESSION ['autentificado']="SI"; ?>
<script language="JavaScript">
parent.location.href="Proyecto.html";
</script> <?php
}
else
{ //si no existe le mando otra vez a la autentificación
?>
<script language="JavaScript">
alert("Acceso denegado");
parent.location.href="index.php";
</script> <?php
}

Y luego en cada una de las páginas a proteger pongo:

<?php
session_start();
//COMPRUEBA QUE EL USUARIO ESTA AUTENTIFICADO
if ($_SESSION ['autentificado'] != "SI") {
//si no existe, envio a la página de autentificacion
?>
<script language="JavaScript">
parent.location.href="index.php";
</script> <?php
//ademas salgo de este script
exit();
}
?>