Nunca me ha pasado eso...no estoy seguro si sea algo relacionado con que un archivo sea CMYK o no. Abre dos archivos nuevos, haz un cuadro con el Pantone que seleccionaste y pégalo en el otro.
Si te sigue pasando lo mismo, aún con dos archivos nuevos, entonces tu problema podría ser el programa en si. ¿Que versión tienes de Illustrator? ¿Es original o pirata?
