Cita:
Iniciado por BrujoNic 
Disculpa pero estoy de acuerdo con gnzsoloyo, qué tiene que ver el puerto si son 2 equipos diferente?
Dudo mucho y más no creo que 2 equipos en una red tengan la misma IP.
Lo que debes hacer es 2 reglas NAT para cada equipo que tiene MySQL en la red y punto.
En ese caso, lo que debes hacer, es cambiar el puerto de cada uno de los servidores WEB donde uno quede en el puerto 80 y el otro en 8080 por ejemplo y de esa forma, vas a poder interactuar con ambas aplicaciones internamente en la red.
Debes OBLIGATORIAMENTE por IPTABLES o instalando un firewall en los Debian, para abrir el puerto que utiliza cada equipo.
Tu consulta no creo que sea de MySQL sino de permisos de la red.
Gracias por contestar, el problema es el siguiente las dos maquinas tienen la misma ip externa y nose como hacer referencia a cada una, por eso yo decia de dejar una maquina con el puerto "3306" y a la otra con "3307" por ejemplo.
Interactuar via web puedo con cada una, lo que no puedo es conectar via script php a la base de datos con el puerto "3307". Nose si me explico.
Porque al dejar las 2 maquinas con el puerto por defecto, se produciria un error, no puede haber una ip externa con 2 puertos iguales.