fpdf ese uso yo para los pdf
puedes acceder con fopen, curl o wget (si el server es tuyo) al archivo/s pdf
los agregas a una carpeta temporal
luego con
http://php.net/manual/es/zip.examples.php puedes harmar el zip para descargarlo.
es una de las muuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuchas formas que hay.
espero te sirva, no olvides pasar por el manual php de ves en cuando, aprenderás mucho