Haz una redirección 301 desde el dominio antiguo al nuevo, creando un archivo "index.php" con lo siguiente dentro del mismo:
Código PHP:
<?
Header( "HTTP/1.1 301 Moved Permanently" );
Header( "Location: http://www.nombreempresa.edu.ar" );
?>
¿Cuánto hace que hiciste el cambio? A veces Google se toma su tiempo para reemplazar un dominio por otro.