Hola Karlosramirezg:
En realidad no hay una regla escrita para decirte qué es lo que tienes que hacer, aunque la práctica general es no borrar información, sino tener un campo que indique si el empleado está activo o no, es decir, realizas la baja "lógica" del empleado, más no la baja "física".
Checa esta liga:
http://www.infoq.com/news/2009/09/Do-Not-Delete-Data
Saludos
Leo