- en el momento de la eliminacion colocaria 3 campos
eliminado (int): si es 0=activo, 1=inactivo 
eliminado_fecha (datetime): para saber en que fecha fue eliminado
eliminado_user (int): saber que usuario lo elimino 
en el momento de inactivar tendria que    
Código PHP:
Ver original- $SQL='UPDATE  
-                       tabla  
-                 SET  
-                       eliminado=1,  
-                       eliminado_fecha=NOW(), 
-                       eliminado_user=$user_id 
-                 WHERE  
-                               .......'; 
- en el momento de las consulta se convertiria en obligatorio preguntar este campo   
Código PHP:
Ver original- $SQL=' 
-            SELECT 
-                        * 
-            FROM 
-                      tabla 
-           WHERE 
-                     eliminado=0 
-                     AND ........ 
-   
- '; 
- para soluciones empresariales, esto es una regla para todas las tablas, jamas se borra nada , unicamente se elimina logicamente