Prohibir acceder a un archivo si no pasó primero por otro/s

[dashtrash]

Sería mucho más largo de responder, pero resumiendo:
Lo que estás haciendo es una máquina de estados.Y eso significa que, una página requiere que tu "aplicación" (web) esté en un cierto estado para poder verse y a su vez mueven a la aplicación a otro estado.
Yo separaría la gestión de la inclusión o no de la página, según el estado de la aplicación, de cómo implementas el estado ($_GET, $_POST, sesiones, cookies...).
Si esto lo haces en una clase "Page", que tiene métodos como "checkParameters","checkState","render"... es sencillo de implementar.