Usar PHP no significa usar un CMS o Wordpress. Los CMS en PHP y Wordpress no son más que código PHP preparado para usar. Puedes usar PHP de forma independientemente.
Respecto a la posición en Google, si algún día tienes que cambiar los enlaces por lo que sea, puedes hacer
redirecciones 301 amigables con el SEO para no perder posiciones en Google. Puedes preguntar en el foro de
SEO acerca de esto.