De primeras
$userId = 2889ç esto te daría error, tendría que ser:
$userId = '2889ç';
Ya que poner un literal en un numero falla, otra cosa es que fuera el numero solo, en ese caso no tendrías problemas en ponerlo sin comillas.
Por lo que el código en si quedaría:
Código PHP:
$userId = '2889ç';
$operarioId = str_replace("ç"," ", $userId);
echo $operarioId."<br>";
Y el resultado que se muestra es: 2889