Pues depende del origen de tus datos, pero sí, si tienes una String con todo el texto puedes hacer un split con el salto de línea y tendrías un array con todas las líneas.
Para ver por qué empieza una línea o termina tienes la API de String
http://docs.oracle.com/javase/6/docs...ng/String.html
Y una línea no puede pertenecer a dos partes, así que tienes que analizar línea a línea, no por caracteres.